În cursul anului 1940 suprafețe întinse ale României Mari au fost anexate de țări limitrofe. În iunie 1940, Uniunea Sovietică a anexat Basarabia și nordul Bucovinei, iar după pierderea Transilvaniei, în august 1940, regele Carol al II-lea a fost nevoit să abdice. În septembrie 1940, generalul Ion Antonescu, aflat la conducerea țării, a proclamat „statul național legionar”, împărțind puterea cu Garda de Fier a lui Horia Sima.
Legile rasiale antievreiești, elaborate în spiritul celor de la Nürnberg, au fost adoptate în vara anului 1940 când, printre alte prevederi, cetățenia evreilor a fost abolită și căsătoriile mixte au fost interzise. Sub regimul lui Ion Antonescu, evreii au fost supuși unor reglementări discriminatorii, dar au existat destul de multe fluctuații în statutul lor, în funcție de situația frontului de război și de interesele politice de moment ale regimului.
Între septembrie 1940 - ianuarie 1941, Antonescu a ordonat implementarea primei etape a legislației economice antievreiești, așa-numita „românizare”, respectiv eliminarea treptată a evreilor din economia națională, menită să conducă la aspecte de „renaștere națională” precum crearea unei economii deținută și controlată exclusiv de cetățenii de etnie română.
În octombrie 1940 guvernul legionar a început o campanie de deportare a evreilor din sate, care a durat două luni și care a dus la confiscarea proprietăților evreiești în multe regiuni ale României. Întrucât aceste acțiuni erau ilegale, ordinul a fost emis verbal de către ministrul de interne. În decembrie același an, legionarii s-au dedat la violențe împotriva evreilor din București, prin jefuirea proprietăților lor, dar și prin atacuri fizice și chiar uciderea unor cetățeni evrei.
Unități ale armatei din localități îndepărtate de București au participat și ele la acțiunile antievreiești ale Legiunii. În timpul sărbătorii de Yom Kipur din 12 octombrie 1940, militarii au participat la o zi a terorii organizată de legionari la Câmpulung Moldovenesc. Colonelul Mociulschi, comandantul bazei armatei locale, a ordonat soldaților să-i împiedice pe evreii să intre sau să iasă din casele lor, în timp ce echipele de poliție și legionare intrau cu forța în locuințele acestora și le jefuiau.
Confiscările proprietăților evreiești și corupția Gărzii de Fier amenințau să perturbe economia românească și au generat tensiuni cu Ion Antonescu și cu armata română. Antonescu era de acord ca evreii să-și piardă proprietățile, dar nu agrea mijloacele și ritmul exproprierilor. Pe măsură ce Legiunea se îmbogățea prin luarea în posesie a majorității proprietăților evreiești, Antonescu a început să perceapă Garda de Fier ca pe o amenințare.
La 14 ianuarie 1941, Antonescu s-a întâlnit cu Hitler la Obersalzberg pentru a primi aprobarea acestuia cu privire la planul de înlăturare a Gărzii de Fier. Până la 20 ianuarie, Legiunea începuse deja să lanseze arestări în masă ale evreilor, ducându-i la Prefectura București, iar pe 21 ianuarie,aceasta s-a ridicat împotriva regimului. Antonescu i-a lăsat pe legionari să se compromită prin propriile lor acțiuni și până în seara zilei de 22 ianuarie, acțiunile armatei s-au limitat la întoarcerea focului în caz de atac armat la adresa soldaților. Acest lucru a permis Gărzii să omoare evrei, să le jefuiască și să le incendieze proprietățile și să le distrugă sinagogile, în mai multe cartiere ale Bucureștiului. În timpul războiului civil de trei zile, câștigat în cele din urmă de Antonescu cu sprijinul armatei germane, membrii Gărzii de Fier au ucis 123 de evrei, au distrus sinagogi și au vandalizat cartiere evreiești. Ofensiva armatei a pus capăt revoltei în dimineața zilei de 24 ianuarie 1941.
Antonescu a continuat campania de muncă forțată începută sub statul național legionar. Începând cu 5 decembrie 1940, bărbații evrei cu vârsta cuprinsă între 18 și 50 de ani au fost obligați să presteze muncă forțată. În total, 84.042 de evrei din aceste categorii de vârstă au fost înregistrați pentru a furniza forță de muncă gratuită. Cei mai tineri de 18-20 de ani și cei mai în vârstă de 41-50 de ani aveau voie să lucreze în propriile orașe, ceea ce reprezenta de obicei o oportunitate de umilire publică, în timp ce ceilalți trebuiau să lucreze în lagăre de muncă, pe șantiere și pe câmp, sub jurisdicție militară. Condițiile de viață și de muncă din aceste lagăre erau deosebit de grele, cu igiena precară și cu asistența medicală limitată. Bolnavii și infirmii erau adeseori obligați și ei să muncească, iar mobilizarea s-a făcut în grabă, mulți muncitori fiind nevoiți să-și poarte hainele de vară până în decembrie 1941, când lagărele de muncă au fost închise temporar.
În schimbul unei răscumpări oficiale, evreii declarați „utili” economiei au fost scutiți de munca forțată și li s-a permis să aibă locuri de muncă. Cei incapabili să muncească sau să plătească răscumpărarea urmau să fie deportați. În iunie 1942, şeful Statului Major a ordonat ca muncitorii evrei care au comis anumite „încălcări ale muncii şi disciplinei” să fie deportaţi în Transnistria împreună cu familiile lor.Evreii din detașamentele de muncă suportau adesea pedepse severe, cum ar fi bătaia și biciuirea. În cele din urmă, s-a considerat că sistemul detașamentelor de muncă obligatorie a dăunat economiei și a fost revizuit de către legiuitori.
Antonescu a continuat ceea ce începuse sub statul național legionar: evacuarea evreilor din orașe mici și din sate. La 18 iunie 1941 a ordonat mutarea acestor evrei în capitalele de județ. Unele dintre aceste capitale aveau doar câteva familii de evrei, așa că evacuații au fost înghesuiți în clădiri abandonate și în depozite, comunitățile evreiești locale neputând face față nevoilor evacuaților. Bărbații evrei cu vârsta cuprinsă între 18 și 50 de ani au fost trimiși în lagărul de la Târgu Jiu, în sudul României. Cei evacuaţi din Dorohoi şi sudul Bucovinei, precum şi supravieţuitorii trenurilor morţii Iaşi, au fost trimişi în alte lagăre din judeţele Romanaţi, Dolj, Vlaşca şi Călăraşi-Ialomiţa. Proprietățile evreilor evacuați au fost naționalizate, parte din acestea fiind jefuite de către localnici.
Până în iulie 1941, 441 de sate și orașe mici au fost curățate de evrei, 40.000 de oameni fiind evacuați din casele lor. Deportările au avut un impact grav asupra vieții economice a multor localități. În septembrie 1941 Antonescu a devenit îngrijorat de amploarea fenomenului și a decis să împartă evreii în două categorii: „utili” și „inutili” pentru economie. Astfel, acesta a făcut primul pas către românizarea completă.
Perioada de după invazia Uniunii Sovietice a fost cea mai dificilă pentru comunitatea evreiască din România. La câteva zile după invazie, între 29 iunie și 6 iulie, evreii din Iași au fost victimele unui Pogrom în care peste 14.000 de oameni au fost uciși în masacre sau sufocați în trenurile morții, sub directa supraveghere a armatei și a poliției locale, cu sprijinul trupelor naziste.
În iulie-august 1941, steaua galbenă a fost impusă prin inițiative locale în orașe precum Bacău, Iași și Cernăuți. O măsură similară impusă de guvern a durat doar 5 zile (între 3 - 8 septembrie 1941), înainte de a fi anulată din ordinul lui Antonescu. Cu toate acestea, revocarea nu s-a aplicat evreilor din Basarabia, Bucovina și Transnistria, pentru care a fost emis un decret special.
În vara anului 1942 evreii din Regat au înfruntat cea mai critică perioadă, dat fiind că guvernul Ion Antonescu a acceptat planul nazist de a-i deporta pe toți evreii din România în lagărul de exterminare de la Belzec. Totuși, în octombrie 1942, politicile privind evreii au început să se schimbe, iar în noiembrie 1942 a devenit clar că autoritățile române amânau punerea în aplicare a acestui plan, la care în cele din urmă au renunțat complet. Schimbarea de politică a fost rezultatul presiunilor din partea forțelor aliate și al opoziției interne, mobilizată de consiliul subteran condus de Filderman. Pe diverse canale, acesta a pledat în fața autorităților, inclusiv asupra Bisericii și a trimișilor puterilor neutre. Până în martie-aprilie 1943, când începuse să caute pacea cu aliații, Antonescu a oprit deportările.
Jean Ancel, Toldot ha-Shoah: Romanyah, 2 vols., Jerusalem 2002, , vol 2 no 102, 334
Radu Ioanid, The Holocaust in Romania: The destruction of Jews and Gypsies under the Antonescu Regime, 1940-1944, Chicago, 2000
Final Report of the ”Elie Wiesel” International Commission on the Holocaust in Romania, Bucharest, 2004