Când Carol I al României a ajuns la putere în 1866, a fost adoptată o nouă Constituție care includea și o clauză privind acordarea dreptului de cetățenie pentru evrei. Această prevedere a Constituției a suscitat demonstrații și revolte: Sinagoga mare a fost deteriorată și jefuită, evreii au fost atacați și magazinele lor distruse. În final, clauza a fost eliminată și Constituția a fost votată, desființând legile anterioare ale principelui A.I. Cuza. De acum înainte evreii puteau fi tratați ca străini și privați de cetățenia română. Astfel, administrația regelui Carol a deschis o nouă eră a discriminării legale a unei comunități formată din 165.000 de oameni din clasa mijlocie, în principal meșteșugari și comercianți.
Din 1866 până la Războiul de Independență din 1877, autoritățile i-au persecutat sistematic pe evrei prin legi și reglementări restrictive. De această dată, cel care a instituit politica anti-evreiască sistematică în spiritul Regulementelor organice a fost ministrul de Interne Ion Brătianu, un revoluționar de la 1848. Într-o serie de circulare trimise conducătorilor provinciilor în primăvara anului 1867, el a cerut măsuri viguroase pentru a scăpa de „vagabonzi”. Urmând legile organice, el a declarat că evreii nu mai au voie să locuiască sau să dețină terenuri sau hanuri în zonele rurale; evreilor li s-a interzis să închirieze terenuri agricole, să activeze în învățământ, drept, farmacie, medicină sau în domeniul feroviar. Ei erau obligați să slujească în armată, dar fără posibilitatea de a deveni ofițeri.
La vremea respectivă în România trăiau aproximativ 200.000 de evrei - cei mai mulți în Moldova - și aveau un rol important în alcătuirea socio-profesională a populației urbane. Instrucțiunile lui Brătianu, care aveau scopul de a provoca expulzarea evreilor de la sate și, în ultimă instanță, din țară, au fost îndeplinite cu fidelitate și forță de către subordonații săi.
În această perioadă, protestele personalităților și instituțiilor evreiești din Occident, precum și ale marilor puteri, au crescut sub presiunea cetățenilor lor evrei. Moses Montefiore, în vârstă de 83 de ani, a călătorit la București pentru a cere încetarea persecuției. Brătianu a fost obligat să demisioneze în 1868, dar atmosfera anti-evreiască și expulzările au continuat; 500 de familii din județul Bacău au fost expulzate în 24 de ore. În zilele de 13 și 14 aprilie 1868, „Alianța” a publicat un articol despre această situație în ziarele pariziene Le Temps și La Patrie , iar autoritățile străine din București au trimis o petiție primului ministru la 15 aprilie 1868. Cu toate acestea, în 1869 autoritățile continuau să-i deporteze pe evreii din sate. Alianța israelită universală a intervenit din nou, iar guvernul francez a trimis o scrisoare ministrului român de externe prin consulul de la Paris, solicitând să oprească expulzarea evreilor.
Pe lângă Adolphe Crémieux și Moses Montefiore, în lupta pentru emanciparea evreilor s-a alăturat și Benjamin Franklin Peixotto, numit consul al SUA în România în 1870. Timp de șase ani, el a depus toate eforturile pentru îmbunătățirea statutului juridic al evreilor români, apelând la regele Carol și la miniștrii săi. Când și-a dat seama că, în ciuda eforturilor sale, nu există nicio șansă de a obține emanciparea evreilor din România, Peixotto a devenit un susținător al emigrării masive al evreilor români în Statele Unite ale Americii.
În ciuda numărului limitat și a lipsei lor de drepturi, în timpul războiului de independență evreii și-au dovedit atașamentul față de România și au fost recrutați în armata română ca „locuitori ai țării”. În anii 1877-1878, 888 de soldați evrei au fost înrolați printre cei 35.000 de militari români. Până la sfârșitul războiului, evreii au sperat că situația lor se va schimba și că li se vor acorda drepturi civile. Cu toate acestea, din februarie 1878, când s-a încheiat războiul, și până în iunie 1878, când a fost deschis Congresul de la Berlin, guvernul român nu a făcut niciun pas în această direcție. În același timp, au existat organizații evreiești, în frunte cu Alianța israelită universală, care au început o operațiune pe scară largă pentru a convinge conducătorii României să permită emanciparea evreilor.
La Congresul de la Berlin, convocat în iunie 1878 la inițiativa lui Bismarck și care avea ca scop crearea unei păci durabile în Balcani, marile puterile au recunoscut independența României și au semnat un angajament de acordare a drepturilor civile pentru evrei, precum și de ridicare a restricțiilor economice care le erau impuse. Totuși, acest lucru nu a fost niciodată pus în aplicare de România, deși articolele 43 și 44 ale Convenției de la Berlin, semnată la 13 iulie 1878, garanta emanciparea evreilor române.