Alături de solicitarea de construire a sinagogilor, comunitățile transmiteau autorităților și solicitarea de a aloca un spațiu destinat cimitirelor, acestea atestând viața comunității evreiești și fiind dovezi ale continuității acesteia.
Există aproximativ o mie de cimitire păstrate până în zilele noastre în diferite comunități din România, ele constituind surse interesante de informații, date fiind inscripțiile gravate pe pietrele de mormânt. Aceste simboluri, în special în Moldova, conțin motive unice, inclusiv animale precum lei, urși, căprioareși animale imaginare, cumar fi grifoni și unicorni. Unele dintre aceste simboluri se regăsesc și în arta românească. De exemplu, leul apare în stilul arhitectural al domnitorului Constantin Brâncoveanu.
Topografia cimitirelorși datele înscrise pe pietrele de mormânt pot oferi informații importante despre trecutul comunităților. Un exemplu interesant a fost găsit în comunitatea evreiască din Bacău, a cărei dată de origine a putut fi estimată datorită unei inscripții găsite pe un monument funerar din 1703.
Cimitirele, ca și sinagogile, sunt esențiale pentru existența fiecărei comunități evreiești, atestând prezența lor acolo. Din diferite motive, odată cu trecerea timpului și din cauza neglijenței, cele mai vechi pietre tombale s-au pierdut în multe dintre cimitirele vechi. Cu toate acestea, chiar dacă majoritatea acestor pietre funerare vechi au fost distruse, putem găsi informații despre ele în scrierile unor cercetători care le-au descoperit în surse vechi și au scris despre ele.
În epoca modernă, cimitirele au continuat să reflecte istoria comunității. De exemplu, în cimitirele din București și Iași există parcele unde sunt îngropați soldați evrei căzuți în primul război mondial. Pe de altă parte, în timpul celui de-al doilea război mondial, guvernul român, condus de Ion Antonescu, a decis relocarea cimitirelor evreiești din mijlocul orașelor. Decizia a fost luată la 8 octombrie 1940, iar în iunie 1942 evreii din București au fost obligați să „doneze” orașului vechiul cimitir evreiesc din strada Sevastopol, care fusese înființat în secolul al 17-lea. Mai mult, evreii recrutați pentru muncă forțată au lucrat timp de doi ani pentru a îndepărta rămășițele cadavrelor înmormântate acolo, care au fost transferate în alte cimitire.
În urma deciziei lui Ion Antonescu, primarul Iașului, Constantin Ifrim, a ordonat în 1943 distrugerea vechiului cimitir care fusese construit în secolul al 16-lea, pentru a construi clădiri rezidențiale pentru locuitorii creștini. Aproximativ 100 de evrei din comunitatea locală au fost obligați să scoată din morminte rămășițele a 100.000 de evrei. După multe eforturi, liderii comunității evreiești au primit permisiunea de a transfera o parte din rămășițe într-o groapă comună în noul cimitir din cartierul Păcurari. În schimbul unei mite, a fost salvat și transferat și un număr mic de pietre funerare, dar cele mai multe dintre ele au fost folosite pentru pavarea străzilor. Deși zona fusese degajată, unii dintre locuitorii creștini care se temeau de spiritele moarte au refuzat să își construiască casele în zonă, iar o parte din vechiul cimitir a devenit un parc. În 2016, Primăria Iași a plasat o placă memorială în amintirea vechiului cimitir evreiesc.
În timpul guvernării comuniste, spre deosebire de alte țări, autoritățile române au păstrat majoritatea cimitirelor evreiești. În 2002, la un deceniu după căderea regimului comunist, guvernul a transferat dreptul de proprietate asupra cimitirelor către Federația Comunităților Evreiești din România, care a permis rezidenților din zonă să lucreze terenul liber disponibil, în schimbul întreținerii cimitirelor.