משהתיישבו בנסיכויות הרומניות, ביקשו היהודים שהגיעו מאוקראינה ומגליציה לשחזר את חייהם בארצות מוצאם, ובעיקר את הארגון הקהילתי ואת מסגרות החינוך. לפיכך, רשת החינוך היהודית עד אמצע המאה ה-19 כללה אפוא את מסגרות החינוך המסורתי ובהן, "חדרים", תלמודי תורה, ישיבות ובתי מדרש - שהלימודים בהם היו בחינם ומומנו על ידי הקהילה או על ידי יהודים אמידים. לתלמידים העניים סופקו לרוב גם בגדים וספרי הלימוד הדרושים.
באמצע המאה ה-19, עם המודרניזציה והליברליזציה של חברה הרומנית, החלו היהודים להשתלב בכלכלה ובתרבות. ככל שגדלה מעורבותם של היהודים בכלכלה ובתרבות התגברה האנטישמיות, לא רק בין תושבי הערים והכפרים אלא גם בקרב האליטות האינטלקטואליות, ובאה לידי ביטוי גם במערכת החינוך, במיוחד בשנות ה-80 וה-90 של המאה ה-19.
עם התפשטות תנועת ההשכלה באמצע המאה ה-19 ברומניה, מחנכים, אינטלקטואלים וחוקרים בעיקר מגליציה ומבסרביה הניחו את היסודות להקמתם של מוסדות חינוך מודרניים ברומניה. רבים מהם היו אישים בולטים בתרבות הרומנית הכללית, ובהם יוליו באראש, בנימין שוורצפלד ובניו, משה גסטר והיימן טיקטין. האינטלקטואלים הללו שהתחנכו באוניברסיטאות באירופה ובבתי המדרש לרבנים, סייעו למודרניזציה של החינוך והתרבות היהודית.
החינוך היהודי המודרני ברומניה התפתח בשלבים. השלב הראשון החל באמצע המאה ה-19 כאשר האליטות היהודיות החדשות הכירו בצורך במודרניזציה וייסדו בבוקרשט את בתי הספר היהודיים הראשונים אשר סימלו את ההתרחקות מן "החדר" המסורתי. בהשפעת יוליו באראש ייסדו יהודי בוקרשט בעלי אזרחות אוסטרו-הונגרית (סודיטים) ב-1851 את בית הספר היהודי הראשון, ושנה מאוחר יותר עשו זאת גם היהודים המקומיים.
בשלב השני, בשנים 1863 - 1893, היתה האטה בהתפתחות בתי הספר היהודיים, בעיקר בשל פתיחת בתי הספר הרומניים לתלמידים יהודיים. בחוק החינוך שהתקבל ב-1864 לא נעשתה הבחנה בין תלמידים רומנים לבני קבוצות המיעוטים. היענותם של היהודים לקריאה להירשם לבתי הספר הממשלתיים היתה כה גדולה, עד כי בשנת הלימודים של 1883/84 , הם היוו כ-15% מכלל התלמידים, ובמולדובה הם הגיעו ל-50%.
מספרם ההולך וגדל של היהודים בבתי ספר ממשלתיים עורר התנגדות בקרב שכבות שונות של האוכלוסיה הרומנית, שהביאה את הממשלה להחלטה להנהיג מדיניות של העדפה לקבלת תלמידים רומנים ודחיית התלמידים היהודים, עד שב-1893 חוק "החינוך היסודי" הגביל את מספר התלמידים היהודים במערכת החינוך הרומנית.
לפי חוק זה כל מי שאינו אזרח רומני (והרוב המוחלט של יהודי רומניה לא זכו באזרחות) לא יהנה מחינוך יסודי חינם. ילד יהודי התקבל לבית הספר רק על בסיס מקום פנוי והוא נדרש לשלם. חוק זה הווה תחילתו של תהליך שנועד להגביל ואף לסלק את היהודים מתחומים שונים, ושימש זרז להקמת בתי ספר יהודיים מודרניים. כתוצאה מכך, היהודים שהעדיפו עד לאותה עת לשלוח את ילדיהם לבתי ספר ממשלתיים, החלו לשלוח את ילדיהם לבתי ספר יהודיים.
לפיכך, נראה כי ברומניה רעיון בתי הספר היהודיים נכפה על מן החוץ. עם זאת, סילוק הילדים היהודים ממערכת החינוך הממשלתית לא הביא אותם חזרה למסגרות החינוך היהודי המסורתי, אלא להקמת בתי ספר יהודיים מודרניים.
השלב השלישי, שהחל אפוא ב-1893, כלל הקמה של רשת בתי ספר יהודיים מודרניים, שהציעו תוכנית לימודים עדכנית. חוק החינוך היסודי ושינויים שהתקבלו מאוחר יותר הדגישו את ההבדל בין תלמידים ומורים רומנים לבין זרים. כצפוי, החוק גרם לירידה דרסטית במספר התלמידים היהודים בבתי ספר ממשלתיים, ורבים נאלצו להפסיק את לימודיהם. חלק גדול מהתלמידים שהפסיקו את לימודיהם היו בנות, מפני שההורים לא יכלו להרשות לעצמם לשלוח את כל הילדים לבתי הספר היהודיים המעטים שהיו והעדיפו לשלוח את הבנים. למשל, בדו"ח שנשלח ב-1899 לאליאנס מטעם הקהילה היהודית בפלטיצ'ני, מצוין כי 430 תלמידים, שמתוכם 330 בנות, נאלצו להפסיק את לימודיהם.
חוק החינוך והקשיים שיצר עבור היהודים, הביאו למעורבות גדולה יותר מצד ארגונים כמו אליאנס ויק"א (JCA – Jewish Colonization Association), אשר תרמו להקמת רשת בתי ספר יהודיים ברחבי רומניה. הקמת רשת בתי ספר עצמאיים החזירה אמנם את בני הקהילה לדגם של ארגון קהילתי, אולם בסיוע אותם ארגונים שולבו בהם תוכניות ושיטות לימודים לימוד מודרניות. בתחילת המאה ה-20 הוקמו ברומניה בתי ספר מקצועיים לבנים ולבנות.