פרק זה עוסק ביחסי הכפילות שהתקיימו בין המיעוט היהודי לרוב הנוצרי ולרשויות ברומניה. כפילות זו התבטאה, מחד, בהגבלות ובאיסורים שהטילו השלטונות, ומאידך, במנגנונים הלא רשמיים שפעלו בחיי היום יום בחיי הכלכלה והחברה – שלעיתים עמדו בסתירה למדיניות השלטונות.
בתקופה הראשונה לייסודן של נסיכויות ולאכיה ומולדובה, השליטים העניקו לבעלי המלאכה זכויות יתר כדי לעודד אותם לבוא להשתקע ולפעול בהן. היהודים בנסיכויות רומניה נהנו מחופש יחסי מכמה סיבות: ראשית, תושבי רומניה לא היו קתולים, ומשום כך, למרות האיבה המסורתית של הנוצרים ליהודים, לא היתה קנאות דתית, לא היו גטאות וגרושים המוניים. סיבה נוספת קשורה בהשפעתה של האימפריה העות'מאנית ששליטיה גילו סובלנות כלפי מיעוטים לאומיים, ונתנו להם מידה מסוימת של אוטונומיה.
בימי המאבק לאיחוד הנסיכויות הרומניות למדינה אחת ולשחרור מן ההשפעות הזרות, העות'מאנית והרוסית, היתה ליהודים תקווה שיקבלו זכויות אזרח. ואכן ב-1848, הכריזו המהפכנים הרומנים על כוונתם לתת ליהודים שוויון זכויות והזמינו אותם להצטרף למאבק. יהודים רבים נענו לקריאה, אולם עם דיכוי המרד שוב הורע מצבם. אחרי שהוחזר השלטון העות'מאני ב-1856 חייבה ועידת פריז את הנסיכים להעניק ליהודים זכויות אזרח, אולם הדבר לא יצא אל הפועל, אם כי הותר ליהודים שוב להשתקע בכל מקום ולקנות אדמות.
ב-1859 כשאוחדה רומניה תחת שלטונו של אלכסנדרו יואן קוזה, הובטח ליהודים שיקבלו זכות בחירה למועצות העירוניות, אבל גם הבטחה זו הופרה עם סילוקו של קוזה מן השלטון. כשעלה קרול הראשון לשלטון ב-1866, הוא הציע חוקה חדשה, שכללה סעיף בדבר זכות היהודים לאזרחות. סעיף זה בחוקה עורר הפגנות נגד סוערות, ובסופו של דבר הושמט מן החוקה, ושוב הוטלו הגבלות על זכותם של היהודים להשתקע בכל מקום ולבחור מקצוע.
בוועידת השלום בברלין ב-1878, התקבלו החלטות שחייבו את רומניה להכיר בזכות האזרח של היהודים ולהסיר את ההגבלות הכלכליות שהוטלו עליהם. רומניה חתמה אמנם על התחייבות לנהוג כך, אולם לא כיבדה אותה, והתנתה את קבלת האזרחות בכך ששני בתי הפרלמנט יאשרו כל בקשה בנפרד. ב-35 השנים עד מלחמת עולם הראשונה, זכו רק אלפיים מתוך כ-240 אלף יהודים באזרחות רומנית. בגלל כשלון האמנציפציה, והמצב הכלכלי הקשה, הגרו רבים מיהודי רומניה לארצות הברית, ולארצות אחרות, והיו מראשוני העולים לארץ ישראל בשלהי המאה ה-19.
ב-1913 סיפחה רומניה מידי בולגריה את דוברוג'ה הדרומית, ובעקבות מלחמת העולם הראשונה סיפחה מידי הונגריה שטחים מטרנסילבניה, מידי אוסטריה את בוקובינה ומידי רוסיה את בסרביה. בעקבות סיפוח שטחים אלה, גדל מספר היהודים בה והגיע ל-750 אלף, ושוב עלו על הפרק שאלות השוויון האזרחי של היהודים. המעצמות החילו על רומניה את הנהגת משטר המיעוטים שיבטיח את מעמדם, ומתן אזרחות רומנית ליהודים, כולל זכויות אזרחיות ופוליטית מלאות. חוקים אלה קיבלו תוקף רשמי בחוקת 1923, אולם למעשה היהודים לא זכו בשוויון מלא, ובשל הלאומיות הגואה התנכלו הרומנים לכל המיעוטים ובייחוד ליהודים, וכבר ב-1926 הונהג באוניברסיטאות "נומרוס קלאוזוס".
בשנות ה-30 פעלו ברומניה שני ארגונים אנטישמיים עיקריים: "הליגה להגנה לאומית נוצרית" ו"משמר הברזל". לארגונים אלה היתה השפעה רבה בהכנת הקרקע להוצאת היהודים מתוך החברה הרומנית. עם עליית הנאצים לשלטון בגרמניה, גברה ברומניה השנאה ליהודים. בקיץ 1934 נחקקו חוקי אפליה נגד יהודים במסחר ובתעשייה, ובסוף דצמבר 1937 קמה ברומניה ממשלה אנטישמית, השניה באירופה אחרי גרמניה. בארבעים ימי שלטונה הספיקה ממשלה זו לחוקק חוק לבדיקת אזרחותם של היהודים, ולפיו נשללו זכויות האזרח של כרבע מיליון יהודים. גם אחרי שנפלה הממשלה נשארו בתוקף חוקי האפליה שחוקקה, ובקיץ 1940 אומצו ברומניה חוקים חדשים במתכונת חוקי נירנברג, בוטלה אזרחותם של היהודים ונאסר על נישואי תערובת.
בספטמבר 1940 קיבל השלטון ההונגרי הפשיסטי את השלטון על צפון טרנסילבניה, והשליט בהדרגה משטר של איסורים ומגבלות כנגד היהודים, בתחומי הכלכלה, החברה והתרבות לפי החקיקה ההונגרית. בשואה היה גורל היהודים בשטחים אלה זהה לגורל יהודי הונגריה, וכ-135 אלף נרצחו, אחרי שהוגלו לאושוויץ באביב 1944.
עם פרוץ המלחמה בברית המועצות, סולקו בפקודת אנטונסקו כ-40 אלף יהודים שהתגוררו בכפרים ובעיירות מבתיהם ורכושם הוחרם. צעד זה נכלל ביישום "החלום האנטישמי" הישן של הרומנים ל"טהר" את הכפרים מיהודים. ממשל אנטונסקו ראהאמנם במלחמה אפשרות "לשחרר" את רומניה מיהודים, אולם בניגוד למשטרים פשיסטיים אחרים, הוא חילק את יהודי רומניה לשתי קבוצות וטיפל בהם בדרכים שונות: דרך אחת ביחס ליהודי בסרביה ובוקובינה, ודרך שניהביחס ליהודי הרגאט וטרנסילבנהי הדרומית.
בשבועות הראשונים לפלישת צבאות גרמניה הנאצית ורומניה הפאשיסטית לברית המועצות, ביוני 1941, ביצעו חיילי הצבא הרומני על פי הוראת אנטונסקו, ובשיתוף עם יחידות צבא גרמניות וחלק מהאוכלוסיה המקומית, מעשי טבח נוראיים באוכלוסיה היהודית בבסרביה ובצפון בוקובינה (אזורים שסיפחה ברית המועצות מרומניה ביוני 1940), במהלכם נרצחו כ-100 -120 אלף יהודים. מעשי טבח דומים ביצעו חיילי הצבא הרומני במערב אוקראינה ובמיוחד באודסה. חיילים ושוטרים רומנים טבחו גם בכ-15 אלף מיהודי יאשי, וביצעו פרעות ביהודים בערים נוספות ברומניה.
יהודי בסרביה וצפון בוקובינה שניצלו ממעשי הטבח גורשו בפקודת אנטונסקו, בקיץ- סתיו 1941 לטרנסניסטריה, שם ניספו כ-120 מבין המגורשים. בסך הכל נרצחו באזורים שבשליטת רומניה בימי אנטונסקו 380 עד 400 אלף יהודים.
במרבית שטחי הרגאט ודרום טרנסילבניה, לאורך כל ימי השלטון הפשיסטי הופעלה סדרת חוקים שגרמו להתרוששות היהודים וניצול כוח העבודה שלהם במסגרת פלוגות לעבודת כפיה. עם זאת, הצביון השונה של השלטון והרקע הרעיוני שלו עקב בעיות הקשורות למטרות המלחמה של רומניה, החשש מפני השותף הגרמני, והתערבותם של מנהיגי הקהילה היהודית, ובראשם וילהלם פילדרמן ואלכסנדרו שפרן, ושל אישים שנרתעו מהשיטות הנאציות וגילו רגישות לגורל היהודים - כל אלה גרמו לכך שגורלם של יהודי רומניה בשטחי הרגאט וטרנסילבניה הדרומית, היה שונה מגורל שאר הקיבוצים היהודים במזרח אירופה, הן בתנאים שבהם חיו בזמן המלחמה, והן במספר הניצולים. לפיכך, כמחצית מן היהודים שהיו ברומניה ערב מלחמת העולם השניה - ניצלו מן השואה, יותר מאשר בכל ארץ אחרת באירופה, ובסוף המלחמה נותרו ברומניה כ-380 אלף יהודים.
לאחר תקופת מעבר קצרה בשנים 1944- 1948 שהסתיימה בתקווה שנכזבה להשיב את המשטר הדמוקרטי על קנו, הוקם ברומניה משטר קומוניסטי טוטליטרי שביטל את הזכויות ואת החירויות של הפרט. התגובה של יהודי רומניה לא היתה אחידה, אולם רובם הגדול בחר באופציית העליה. לפיכך, עלייתם של רוב רובם של יהודי רומניה לישראל, מסמל את הפרק האחרון של ההיסטוריה היהודית במרחב הרומני.