בתקופת ההשפעה העות'מאנית נהנו הקהילות היהודיות בנסיכויות מולדובה וולאכיה מאוטונומיה שיפוטית ופיסקאלית, וארגון החיים הדתיים היה דומה לזה של האימפריה העותמאנית. בראש הקהילות עמד חכם באשי (רב ראשי) ומושבו היה ביאשי. בנוסף לכך, הקהילות היו מאוגדות גם במסגרת חילונית - הגילדה היהודית - (breasla jidovilor) - המוסד הרשמי של הקהילה היהודית, שהיתה אחת מ-33 גילדות שייצגו מיעוטים לאומיים, כמו הארמנים והיוונים ואיגודים מקצועיים שונים. תפקידה העיקרי של הגילדה היה פיקוח על תשלום המס הקיבוצי שחל על היהודים, שחלקו הוקדש למימון מוסדות הקהילה.
בראשה של כל גילדה עמד הסטארוסטה Starosta)) שנבחר על ידי חברי הקהילה לתקופת כהונה מוגבלת, ובחירתו היתה טעונה את אישור הנסיך. כשגדלו הקהילות היהודיות, הועלה מספר ראשי הקהילה לשלושה, ואחד מהם היה ראש המדינה. תפקיד הסטארוסטה שהוגדר בתחילת המאה ה-18, החל לאבד מכוחו בסופה של אותה מאה כתוצאה משינויים דמוגרפיים וכלכליים שהשפיעו על החברה היהודית.
באותו זמן התעצם מעמדו של המנהיג הדתי, הוא החכם באשי, ראש מערכת השיפוט האוטונומי של הקהילות היהודיות ואחראי גם לעניינים חילוניים, כמו גביית מיסים והעברתם לשלטון המרכזי. רבני הקהילות ניהלו רישום של לידות, נישואין ופטירות, והיו מוסמכים לדון גם במשפטים אזרחיים. החלטותיהם היו ניתנות לערעור בפני החכם באשי.
בתחילת המאה ה-19, בעקבות גל ההגירה היהודית הגדול מגליציה, פולין ואוקראינה הגיעו למולדובה יהודים שנטו לחסידות, ובמחצית השנייה של המאה ה-19 הגיע מספרם ל-85 אלף נפש. אותם מהגרים שהיו בעלי נתינות זרה, נבדלו במנהגים שלהם מהקהילה המקומית והיו מאורגנים בקהילות נפרדות. הם סרבו לקבל את סמכותו של החכם באשי, והציעו לשלם את מיסים ישירות למדינה. על רקע זה התעוררו סכסוכים בינם לבין הקהילה המקומית.
לצד קהילות האשכנזים והחסידים, היו ברומניה קהילות של יהודים ספרדים שהגיעו לוולאכיה מבולגריה, סרביה, ותורכיה. ב-1730 שליט ולאכיה, ניקולאה מברורוקדט, העניק ליועציו היהודים, הרופא דניאל דה פונסקה ומנטס באלי, סמכויות לייסד קהילה יהודית ספרדית. אולם רק ב-1830 נוסדה קהילה ספרדית נפרדת בבוקרשט. Daniel de Fonseca Mentes Bally בתחילת המאה ה-20 הגיע מספר היהודים הספרדים ברומניה לכ-12 אלף איש. הם התרכזו בבוקרשט, קראיובה, טורנו סברין וקונסטנצה, ובמשך שנים ארוכות שמרו על המסורות שלהם, והקימו בתי כנסת נפרדים, מערכת חינוך וארגונים לעזרה הדדית.
התקנון האורגני מ-1831 -1832 וחוקים נוספים שהתקבלו בעקבותיהם, פגעו ביהודים, והפכו אותם מילידי הארץ ל"זרים," והקהילה היהודית לא הוכרה עוד כגילדה אלא כ"אומה יהודית". ב-1834 בוטלה משרת חכם באשי, ואת מקומו בראש הקהילה תפסה מועצה בת עשרה נבחרים שנקראה "אטרופיה" (.(epitropie מ-1866 כאשר הממשלה ביטלה את ההכרה בקהילות הרגאט, ועד ל-1928 כשאושר חוק הדתות, לא היה לקהילות היהודיות מעמד של גוף משפטי עצמאי.
עם ביטול משרת החכם באשי התערערה גם המסגרת הקהילתית. במולדובה ובוואלכיה אירעו הדברים על רקע של סכסוכים פנימיים בתוך הקהילות. הצדדים הניצים התלוננו אצל השלטונות, ובעקבות הסכסוכים, הארגונים השונים נלחמו אלה באלה. יוצאות מן הכלל היו הקהילות של הספרדים, ששמרו על ארגון פנימי ושימשו דוגמה לניהול תקין. רק בפלויישטי היתה קהילה משותפת של אשכנזים וספרדים שפעלה בצורה תקינה ורציפה.
בקהילת בוקרשט לבשו הסכסוכים הפנימיים צורה של מאבק בין חוגי החרדים שהתרכזו סביב הרב מאיר לייבוש מיכל (המלבי"ם), ובין ה"מתקדמים" שבראשם עמד יוליו באראש. המריבות הגיעו לידי כך שב-1864 מתנגדי המלבי"ם הלשינו עליו שהוא אזרח זר, והשלטונות גרשו אותו מרומניה. עם זאת, ובעקבות ההחלטה של הממשלה שלא להתערב בעניינים פנימיים של היהודים, אבד הסיכוי שיוענק לקהילות מעמד חוקי.
אחרי 1918, האתגר המרכזי שניצב בפני יהודי רומניה היה ארגון חיי הקהילה וחיי הדת למרות המצב החוקי הלא ברור וההבדלים בין הקהילות. בתחום הארגון הפנימי, היו השנים שאחרי מלחמת העולם הראשונה, שנים פוריות. בכל הארץ אורגנו הקהילות מחדש, ההנהלות נבחרו באופן דמוקרטי, והשתתפו בהן נציגים מכל הזרמים והשכבות החברתיות. ב-1921 הוקם ברגאט "איגוד הקהילות היהודיות" והרב ד"ר יעקב נימירובר, נבחר לרב הראשי הראשון מאז בוטלה משרת החכם באשי ב-1834.
רק ב-1928 אישרה ממשלת רומניה את חוק הדתות והיהודים הוכרו כמיעוט דתי. משהתקבל החוק, היתה דעת הקהל היהודית מפולגת בשאלה אם היהודים צריכים להקים מפלגה לאומית משלהם, שתייצג אותם, או שעליהם לפעול במסגרות הכלליות. "התאחדות היהודים הרומנים" התנגדה להקמת מפלגה יהודית וניסתה ללא הצלחה להשפיע על מפלגות שונות לאמץ קו פרו-יהודי כתנאי להמלצתה שיהודים יצביעו בעדן. מנגד, עמדו מנהיגים צעירים שתמכו בהקמת מפלגה יהודית, ובבחירות שנערכו 1928 נבחרו לפרלמנט ארבעה נציגים של מפלגה זו, מטרנסילבניה מבוקובינה ומבסרביה. ב-1930 הוקמה מפלגה יהודית גם ברגאט , ובבחירות של יוני 1931 זכתה המפלגה היהודית בחמישה מושבים בפרלמנט.
ב-1933 משנואשה "התאחדות היהודים הרומנים" מן הסיכוי להגיע לשיתוף פעולה עם המפלגות הכלליות, הקימה עם המפלגה היהודית לאומית את "החזית היהודית המשותפת", שניסתה ללא הצלחה להיאבק בגזירות האנטי יהודיות. עם זאת, לרוב, עד לחקיקת החוקים האנטישמיים בסוף שנות ה-30, נהנו הקהילות היהודיות מאוטונומיה וקיימו שירותי דת, חינוך, בריאות וסעד, שמומנו ממסי חבר. יהודי רומניה שמרו על מסגרת קהילתית שדאגה לצורכי חבריה ולייצוג בפני השלטונות עד שהחוקים האנטי-יהודיים שיתקו את פעילותה.
בימי השלטון הקומוניסטי, המשיכו מוסדות הקהילה את פעילותם במידה שבה הממשלה אפשרה זאת. ב-1960 היו ברומניה 153 קהילות יהודיות עם 841 בתי כנסת, 67 מקוואות, 86 משחטות כשרות ובית חרושת למצות. ביאשי ובבוקרשט פעלו כמה בתי ספר ליידיש ו-54 תלמודי תורה. כל אלה פעלו עד להגירה ההמונית ב-1964. כיום יש ברומניה קהילה קטנה המונה כשלושת אלפים נפש, מבוגרים ברובם הגדול.