מבין מוסדות הקהילה, הבולט ביותר הוא בית הכנסת המייצג יותר מכל את המעמד והזהות של חבריה. הבקשה להקים בית כנסת ובית עלמין בכל ישוב יהודי מופיעה בכל מסמך רומני המתאר התיישבות של קהילה יהודית. במסמכים שפורסמו על ידי הנסיך ובכירי האצולה או על ידי מוסדות הכנסייה, צוינו החובות והזכויות של היהודים, כולל הגבלות שהוטלו עליהם. המסמך העתיק ביותר העוסק בנושא הוא צו הנסיך אלכסנדרו מברוקורדט מ-1780 המאשר התיישבות יהודים ומתייחס לכפר סולדנשטי שהפך מאוחר יותר לעיר פלטיצ'ני. לפי מסמך זה על היהודים "לקיים בית לתפילותיהם אך לצד ולא בקרב נוצרים. המבנה צריך להיות דומה לבתים אחרים, לא שונה."
במשך תקופה ארוכה השלטונות אפשרו ליהודים לבנות רק בתי כנסת מעץ. למשל, שליט מולדובה דימיטרי קנטמיר התייחס באחד הצווים שלו לזכותם של היהודים לבנות את בתי הכנסת, "היכן שהם רוצים, יכולים לבנות בית כנסת, אבל הם יכולים להיות עשויים מעץ, ולא מאבן." יתרה מזאת, בתי הכנסת היו צריכים להיות רחוקים מהכנסיות ולכן הוקמו בפריפריה. עד אמצע המאה ה-18, בתי הכנסת היו בנויים מעץ. משום כך לא היו עמידים לאורך זמן, ומסמכים מהתקופה מעידים על בתי כנסת רבים שנהרסו בעקבות שריפות או פרעות ביהודים. לרוב הם נבנו מחדש, באישור השלטונות, באותו מקום ובאותם ממדים.
במחצית השנייה של המאה ה-18, בהשפעת תנועת ההשכלה בטרנסילבניה ובבנאת, היהודים החלו להקים בתי כנסת מלבנים. למשל, ב-1794 החליטו יהודי אוראדיה להפוך בית כנסת קיים למבנה לבנים, ובבוקרשט, הפרויקט הראשון להקמת בית כנסת מאבן, תוכנן לקום ברובע היהודי וקרשטי- דודשטי ב- 1846.
המתכננים של בית הכנסת שנקרא "בית הכנסת הגדול," ביקשו את אישורו של הנסיך והדגישו כי "הבניין הזה, על פי תוכניתו, יוסיף לאזור יופי יוצא דופן." יתרה מזאת, הם ציינו כי בית הכנסת נועד לסמל את נוכחות היהודים בעיר כתושבים שווי זכויות, "גם כאן בוואלאכיה חיים עמים שונים ללא הבדל ביניהם, כפי שקורה בכל אירופה, במיוחד מאז שאנחנו משלמים מיסים כמו כולם." חנוכת בית הכנסת הגדול נערכה בספטמבר 1847.
לבתי הכנסת המפוארים בסגנון מודרני היה תפקיד חשוב הן בתוך הקהילה והן מחוצה לה: בתוך הקהילה הוא נועד להעלות את הערכה העצמית של בניה ובנותיה, ואילו מחוץ לה תפקידו היה לשפר את הדימוי של היהודים בעיני החברה הסובבת.
באשר לסגנון האדריכלי, בתי הכנסת שנבנו במאה ה-19 ברומניה, בדומה לבתי הכנסת שנבנו באותה תקופה באירופה, הושפעו מהאדריכלות המקומית. למשל, בבתי הכנסת בטרנסילבניה ובבנאת, ניתן למצוא פרטים שהועתקו מקתדראלות, כמו בית הכנסת ברובע פאבריק בטימישוארה, בית הכנסת בקרנסבש ) Caransebes ) ובית הכנסת הגדול באוראדיה. לעומת זאת, בתי הכנסת במולדובה באותה תקופה הציגו ממדים, תוכניות וחזיתות דומים לבתי התושבים. כך נבנו בתי הכנסת בבוחוש, המרכז החסידי החשוב ביותר במולדובה, ובטקוץ'.
בתי הכנסת החדשים שנבנו ברומניה במאה ה-19 אימצו לרוב סגנון אקלקטי המשלב השפעות של הבארוק המאוחר, אלמנטים של אדריכלות אר- נובו וסגנון מאורי. למרות הניסיון לשוות להם מראה מזרחי, בסך הכל, ובעיקר בשל הדמיון לבתי הכנסת במרכז אירופה ובמערבה, בתי הכנסת החדשים תרמו לחזות כללית מערבית יותר של הסביבה העירונית הרומנית.